は、以下の記述をbuild.gradleに追加してください。

eclipse {
    classpath {
        file {
            whenMerged { classpath ->
                def libs = classpath.entries.findAll { it.kind == lib }
                libs = libs.collect { lib ->
                    def baseDir = project.projectDir.getAbsolutePath().replace(, /)
                    if (lib.path.startsWith(baseDir)) {
                        lib.path = lib.path.replace(baseDir, ".")
                    }
                    return lib
                }
                libs.sort(new Comparator<Library>() {
                            public int compare(Library lib1, Library lib2) {
                                String basename1 = new File(lib1.path).getName()
                                String basename2 = new File(lib2.path).getName()
                                return basename1.compareTo(basename2)
                            }
                        })

                def others = classpath.entries.findAll { it.kind != lib }
                classpath.entries = others + libs
            }
        }
    }
}

ただし、eclipseにgradleプロジェクトとして認識させると.classpathを使わずにプラグインの機能を使うようになってしまうため並び順が制御できなくなる。

gradleプロジェクトとしてeclipseに認識させていない場合、以下が不便です。

  • 依存追加時に./grdalew cleanEclipse eclipseで依存ライブラリを取得する必要がある
  • Eclipseからgradleタスクを実行できない(私はCLI派なので困らないけど)
  • Spring Tools使うためには有効化の操作しなきゃいけない